Arbeitnehmer, die sich (ohne krank zu sein) auf Anordnung des Gesundheitsamtes als Krankheits- oder Ansteckungsverdächtige in Quarantäne begeben müssen oder einem Tätigkeitsverbot unterliegen, erhalten im Falle des Verdienstausfalls eine Entschädigung nach § 56 Absatz 1 des Infektionsschutzgesetzes (IfSG). Auch Arbeitnehmer, die aufgrund der vorübergehenden Schließung von Einrichtungen zur Betreuung von Kindern, Schulen oder Einrichtungen für Menschen mit Behinderungen ihre Kinder oder behinderte Menschen selbst beaufsichtigen, erhalten im Falle des Verdienstausfalls unter den Voraussetzungen des § 56 Abs. 1a IfSG eine Entschädigung. Die Verdienstausfallentschädigung ist für die Dauer des Arbeitsverhältnisses, längstens für sechs Wochen, zu zahlen.
Die Zahlung der Verdienstausfallentschädigung leistet der Arbeitgeber für die Entschädigungsbehörde. Die gezahlte Verdienstausfallentschädigung wird dem Arbeitgeber auf Antrag von der Entschädigungsbehörde erstattet. Die Verdienstausfallentschädigung ist für den Arbeitnehmer steuerfrei und unterliegt dem Progressionsvorbehalt. Sie ist vom Arbeitgeber im Lohnkonto aufzuzeichnen und auf der elektronischen Lohnsteuerbescheinigung bzw. der Besonderen Lohnsteuerbescheinigung zu bescheinigen. Ob und in welcher Höhe eine Verdienstausfallentschädigung vorliegt, wird durch die zuständige Entschädigungsbehörde bestimmt.
Oftmals kommt die Entschädigungsbehörde bei der Berechnung des Erstattungsbetrags zu einem anderen Ergebnis als der Arbeitgeber. Stellt der Arbeitgeber im Nachhinein fest, dass seine ursprüngliche Behandlung unzutreffend war, ist er verpflichtet, zu viel erhobene Lohnsteuer bei der nächsten Lohnzahlung zu erstatten bzw. noch nicht erhobene Lohnsteuer bei der nächsten Lohnzahlung einzubehalten.
Hat der Arbeitgeber die Lohnsteuerbescheinigung bereits übermittelt bzw. ausgestellt, scheidet eine Änderung des Lohnsteuerabzugs aus. Da die Lohnsteuerbescheinigung bis zum letzten Tag des Monats Februar des Folgejahres zu übermitteln bzw. zu übersenden ist, ist die Änderung des Lohnsteuerabzugs spätestens ab dem 1. März des Folgejahres ausgeschlossen. Nach der Übermittlung bzw. Ausstellung der Lohnsteuerbescheinigung bekanntgewordene Abweichungen der Entschädigungsbehörde von der ursprünglichen Berechnung des Arbeitgebers rechtfertigen keine Änderung der Lohnsteuerbescheinigung.
Die unzutreffende Behandlung muss korrigiert werden, es sei denn die Differenz zwischen der dem Arbeitnehmer gezahlten Verdienstausfallentschädigung und der dem Arbeitgeber bewilligten Erstattung übersteigt nicht 200 € pro Quarantänefall. Insoweit haftet der Arbeitgeber auch nicht für die nicht vorschriftsmäßig einbehaltene Lohnsteuer. Von einer Nachforderung der zu wenig erhobenen Lohnsteuer beim Arbeitnehmer wird abgesehen. In diesen Fällen unterbleibt auch eine Korrektur der unzutreffenden Steuerfreistellung im Rahmen der Einkommensteuerveranlagung des Arbeitnehmers.
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